在八十年代末到1996年亚特兰大奥运会期间，于芬在国家跳水队执教并任副总教练，她一手培养了伏明霞、肖海亮和郭晶晶以及池彬这些蜚声世界的跳水名将。前三位都是多枚奥运会金牌获得者，池彬虽然遗憾地没有参加上奥运会，但曾经获得过两次世界杯十米台个人冠军。这样的成绩无疑是于芬名满天下并底气十足的原因。

然而，由于于芬极其强烈的个性，她和国家队其他教练、上级领导关系很紧张，和一些队员及其省市之间的矛盾已经公开化。

1996年亚特兰大奥运会以后，总局解散了国家跳水队。1998年，国家体育总局再次组建国家跳水队集中训练。一手缔造中国跳水队辉煌的总教头徐益明和副总教练于芬都被排除在外，取而代之的是领队负责制，由前奥运会金牌得主、也是徐益明学生的周继红担任领队。自此之后，于芬就再也没有出现在中国跳水队的名单上。

1998年到2000年：徒弟伏明霞复出战奥运，然而国家队却对于芬说了“不”，并对伏明霞说，除了于芬，别的教练你随便选择。

2001年在北京举办了世界大学生运动会，拥有参赛权的清华跳水队派出王睿参加女子跳台的比赛，而她同样遇到了和国家队员配对双人赛的问题，这一次于芬没有让步，在和国家队协调未果之后，王睿退出双人比赛。两家的关系降至冰点。

经过几年的艰苦努力，清华跳水队培养了一些优秀的选手，其中有劳丽诗、何姿、王鑫、周吕鑫、林跃等名将，然而由于清华跳水队在2001年失去了双重注册队员的权利，这就意味着清华的队员只能参加大学生的比赛和国外的一些比赛，却无缘国内的全国锦标赛和全运会的比赛，没有参加比赛的机会对选手的成长无疑极其不利。

于是，王鑫和周吕鑫等人纷纷离开清华到地方省市注册，2005年还发生了清华状告王鑫家长、状告国家游泳中心的事情，令人遗憾的是，最后以清华方面败诉告终，但清华也保住了几名队员。两方的矛盾更加凸现。